La création de la commanderie de Saizenay semble remonter aux environs de 1250. On n'a pas de détails par rapport à la donation faite à cette époque, mais il est vraissemblable qu'elle ait été faite par un ou des membres de la famille des seigneurs de Salins qui au siècle précédent avaient déjà effectué des dons à Saizenay au profit des chanoines réguliers d'Alaise.

La commanderie de Saizenay dépendait de celle de Salins. Les Templiers y possédaient outre la chapelle, un manoir, le four banal, et plusieurs droits et propriétés dans les forêts environantes.

A l'époque templière, la chapelle était placée sous le vocable de l'Assomption de Notre Dame. La chapelle actuelle, dernier vestige de la commanderie, a été rebatie à la fin du 14 ème siècle.