Le document le plus ancien mentionnant la présence de Templiers dans la région d'Orléans remonte à 1148, lors d'une donation faite par Manassès de Garlande⁽¹⁾, évêque d'Orléans, aux frères de la chevalerie du Temple de la dîme du bien appelé Pourpry⁽²⁾.

L'existence de la commanderie de Saint-Marc à Orléans même est mentionnée pour la première fois en 1171. On peut donc considérer que la donation faite aux Templiers pour qu'ils s'installent près de l'église Saint-Marc a eu lieu entre 1148 et 1171.

La commanderie Saint-Marc d'Orléans était l'une des plus importantes de la région, preuve en est faite par le nombre de domaines qui dépendaient d'elle :

1. Un fief à la Gabellière⁽³⁾.
2. Un hopital à Bou.
3. Une maison à Bucy-le-Roy.
4. Une maison à Acquebouille.
5. Une maison à Beaugency.
6. Plusieurs maisons à Meung-sur-Loire.
7. Une ferme et une terre de 300 arpents à Villiers-le-Temple.
8. Un domaine à Saugirard⁽⁴⁾.
9. Une maison à Villeloup⁽⁵⁾.
10. Une maison à Saint-Cyr-Semblecy⁽⁶⁾.
11. Une maison à Gien.
12. Une maison à Montbouy.
13. Une maison à Rouvray-Sainte-Croix.

Après la dissolution de l'Ordre du Temple en 1312, les hospitaliers de Saint-Jean entrèrent en possession de l'ensemble de ces domaines. Un tremblement de terre secoua Orléans en 1316, qui endommagea énormément d'édifices et la commanderie ne fut pas épargnée. Au cours de la guerre de Cent Ans, la commanderie subira de nouveaux dommages. Quant à l'église en elle-même, elle fut désaffectée en 1793, reconstruite en 1859 et enfin restaurée en 1878.